Patilerle İlgili

Kedi Genom Projesi Üzerine Mike Montague İle Söyleşi -1

BP: Kedi Genom Projesi hakkında bize bilgi verir misiniz?

Mike: 2007 senesinde, Washington Üniversitesinde evcil bir kedinin genomonun haritasını çıkarmaya karar verdik. Genom, 2011 senesinde tamamlandı. Bu kedinin ismi, Tarçın’dı. Genom, daha önceki bir taslak haritanın geliştirilmesiyle oluşturuldu. Genom hazır olunca, genlerin genom içerisinde nerede olduklarını tespit etme şansımız oldu. Elde ettiğimiz gen haritasını, diğer etçil olan veya olmayan hayvanlarla karşılaştırdık. Köpek, kaplan, inek ve insan genomuyla kedi genomu karşılaştırıldı. Diğer organizmalarla yaptığımız karşılaştırma neticesinde, kedileri diğer etçil olan ve olmayan canlılardan ayırdeden özellikler bulduk. Bu yaptığımız çalışmanın ilk kısmıydı.

genome

Çalışmamızın ikinci kısmıysa, evcil kedilerin genlerini vahşi kedilerle karşılaştırmaktı. Bu şekilde, evcil kedilerin vahşi kedilerden ayırdeden genleri tespit etmeyi amaçladık.

Birman kedilerinin renkleri diğer kedilerden farklıdır. Çalışmanın üçüncü kısmı, özel bir pigmentasyon paternine sahip olan Birman kedisini incelemekti.

Yayınladığımız makalede, çalışmamızın bu üç parçasını anlattık.

BP: Kedileri, diğer etçillerden ayıran özellikler nelerdir?

Mike: Kedilerin genlerinde, diğer etçillere göre daha fazla evrimleşme oranı ve değişiklik tespit ettik. Bu genler, duyu sistemiyle ilgili olanlardı.

Kedilerin, son derece keskinleşmiş işitme ve görme yetenekleri vardır. Diğer memelilere göre farklılaşmış genlerin bir kısmı işitme ve görme ile ilgiliydi. Bu genlerin, bu duyularla ilgili olduğunu biliyoruz; çünkü bu genler insanlarda mutasyona uğradığında körlüğe, sağırlığa ya da gece körlüğüne neden olmaktadır. Dolayısıyla, makalede kedilerin avlanmalarını sağlayan bu genlere ve yüksek miktarda et tüketmelerine izin veren genlere odaklandık. Kediler etçildir ve yüksek miktarda et tüketirler; bu nedenle yağ metabolizmasıyla ilgili genleri inceledik. İncelediğimiz genler, çalışmaya dahil ettiğimiz diğer hayvanların genlerinden farklıydı.

BP: Kedilerin, bir şeyi gördükten ya da işittikten sonra harekete geçme zamanları çok kısa, bu sinyalleri çok hızlı proses ediyorlar. Bunun, zekalarıyla bir ilgisi var mı?

Mike: Kediler, diğer etçillerin algılayamadıkları ses dalgalarını hissedebilirler. Buna zeka demek ne kadar doğru bilemiyorum ama özellikle kendi doğal ortamlarında, çok kısık sesleri algılayabilmeleri kesinlikle adaptasyondur. Kedilerin çoğu yalnız avlanırlar; bizim kulağımızın duyamadığı çok düşük ve çok yüksek sesleri algılamaları, avlanmalarına yardımcı olur. Bu genlere odaklandık çünkü bunlar kedilerin çevrelerine uyum sağlayıp, çok iyi avcı olmalarını sağlamışlardır.

BP: Tarçın nasıl?

Mike: Tarçın, Missouri’de yaşıyordu ve doğal nedenlerden ötürü geçtiğimiz senelerde vefat etti. Tarçın’ın hücreleri hala elimizde ve DNA’sını kullanmaya devam ediyoruz. Mevcut genomu iyileştirmeye devam ediyoruz, bu yayını yapmış olmamız, işlerin bittiği anlamına gelmiyor. Yani referans genomu iyileştirmek için Tarçın’ın ve diğer kedilerin genomuyla çalışmaya devam edeceğiz.

tarcin

                                   Tarçın

BP: Çalışmalarınızda hayvanlar zarar gördü mü?

Mike: Hayır. Kediler, rutin muayenelerini olurken onlardan kan ve doku örnekleri aldık. Bu çalışma için hiç bir hayvan zarar görmedi.

BP: Proje nasıl devam edecek?

Mike: Makalemiz yayınlandığı zaman kedi genomunun üçüncü taslağı da yayınlandı. Son referanso indirebilirsiniz. Bu referansı henüz analiz etmedik. Bu, genomun yeni bir taslağı ve dördüncü taslağı da 2016’da yayınlamayı planlıyoruz. Bu genom, yine Tarçın’ın hücrelerinden elde edilecek ve mevcuda göre son derece gelişmiş olacak. Gelecekte, genom kalitesini arttırmak için yeni teknolojiler kullanmayı planlıyoruz.

İkinci olarak, çalıştığımız kedilerin sayısını arttırmak istiyoruz. Daha fazla kedi ırkı ve vahşi kedi kullanacağız. Bu bize kedilerin evcilleşme süreci ve vahşi kedilerin, evcil kedilerin gen havuzuna yaptığı katkı hakkında daha çok bilgi verecek.

BP: Genom analizi olasılıksal mı?

Mike: Küçük adımlarla ilerlemeyi sağlamak zorundayız; bu nedenle 2011de yayınladığımız referans genomun analizini yayınladık. Her yeni taslak gen hattı yayınlandığında, elimizde ne olduğunu görmek için analiz yapmak zorundayız. Gen hattı geliştirildikçe, genlerle ilgili daha iyi tahminler yapabilmeyi ve resmin tamamını görmeyi bekliyoruz. Dolayısıyla, farklı kedilerle ve iyileştirilmiş genomla çalıştıkça daha iyi cevaplar elde etmeyi umuyoruz.

Makalemde bulduğum sonuçların, farklı kedilerle ve genomla çalıştıkça tekrar edip etmediğini görmek için çalışmaya devam etmek zorundayız.

BP: Antropologsunuz, değil mi?

Mike: Evet, okulda primatlarla çalıştım.

mike

BP: Bu çalışmaya nasıl katıldınız? Size ilginç gelen neydi?

Mike: Genetikle ve gen verisinin nasıl analiz edilmesi gerektiğiyle ilgileniyorum. Bu yöntemleri, primatlara, kedilere, insanlara, kedilere, sineklere, kuşlara, balıklara vs uygulayabilirim, çünkü her biyolojik organizma DNA’ya sahiptir. DNA’yı analiz edebilmek, benim bir çok farklı projede yer almama izin veriyor.

BP: Büyük veri çalışmalarını nasıl etkiledi?

Mike: Makalede, bir çok farklı hayvandan farklı gen dizilimleri kullandık. Dolayısıyla, istatistiksel analiz için güçlü bilgisayarlara ihtiyacımız var. Verinin analiz edilmesi, görselleştirilmesi ve saklanması için bilgisayar programlarına güvenebiilmemiz gerekiyor. Güney Amerikada, maymunlarla çalıştığım zamana göre ve veri büyüklüğüne göre, bu proje farklı ve büyük. Bütünüyle bir genom analizi yapmak benim için de farklı bir tecrübe.

lab

BP: Bu projeyle ilgilenen, üçüncü parti kurumlar var mı?

Mike: Bu projeye fon sağlayan kurumlar var. Morris Animal Foundation, Nestle Purina, Hills ve diğer mama firmaları, veterinerler projeyi destekleyen bazı kurumlar.

Kategoriler:Patilerle İlgili

Tagged as: , ,

Bir Cevap Yazın

Aşağıya bilgilerinizi girin veya oturum açmak için bir simgeye tıklayın:

WordPress.com Logosu

WordPress.com hesabınızı kullanarak yorum yapıyorsunuz. Çıkış  Yap /  Değiştir )

Google+ fotoğrafı

Google+ hesabınızı kullanarak yorum yapıyorsunuz. Çıkış  Yap /  Değiştir )

Twitter resmi

Twitter hesabınızı kullanarak yorum yapıyorsunuz. Çıkış  Yap /  Değiştir )

Facebook fotoğrafı

Facebook hesabınızı kullanarak yorum yapıyorsunuz. Çıkış  Yap /  Değiştir )

Connecting to %s